У Brainy есть особенность, при которой обновления могут не сработать как положено не удалив предыдущую ошибку. В итоге, ошибки накапливаются и приводят к странному поведению ПУ.
Если вы довольно давно не переустанавливали сервер, то у вас вероятнее всего произошло наслоение обновлений.
Как это может происходить, скорее всего вы знаете. Подскажу тем кто не знает: при обновлении может не убиться какой то процесс, связанный с исправляемым файлом. Файл может оказаться не доступным для обновления. так же возможны ошибки при загрузке обновления. Многое зависит от нагрузки на сервер и других проблем в момент обновления, от проблем самого хостинга и каналов до сервера обновления.