При добавлении субдомена панель создает новую DNS зону вместо того чтобы добавить A и CNAME в уже существующую
это не позволяет использовать cloudflare без редактирования dns зоны домена (с таким же успехом можно просто использовать панель dash.cloudflare.com и заморачиваться с интеграцией).
В чате разработчики предложили вручную добавлять необходимые записи или же добавить запись *.domain, что не является полноценным решением проблемы ИМХО.