Вот как раз и системные задания от root, обрабатывают этот нюанс. Если это задание удалено, или отключено то чистки директории не будет.Нет, считаю, что в панели такие моменты должны обрабатываться автоматически, подобные задания должны быть или как функция или указаны явно в документации.
/usr/local/brainycp//src/compiled/php5/bin/php -q /usr/local/brainycp//scripts/cron_exec.php >/dev/null 2>/dev/null