Сначала сделал как было предложено - добавил строчку в файл/etc/https/vhosts/...
но она потом слетела, вероятно при перестройке вирт. хостов, потом добавил ее же в донастройку вирт.хостов в настройке панели - тоже замечательно работает. Так что, если это кому-то еще актуально - уточню, что делать это через донастройку правильнее, чем править конфиг, который панель перезатрет в какой-то момент.
А ведь когда-то, в прошлых версиях, это было по умолчанию, если мне не изменяет память.
UPD. Оказалось, что настройка, через apache и nginx - работает глобально. Слетают другие сайты. Появляется ошибка "No input file specified" и перестают грузится другие сайты на других вирт. хостах.
Одним словом, единственное решение, которое мне удалось заставить работать :
1) ищем php.ini по пути /home/ваш_хост_юзер/etc/phpXXw/php.ini
2) Добавляем
[HOST=example.com]
open_basedir = /home/ваш_хост_юзер/sites/example.com
если имеются алиасы, то придется прописать для них.
настройка ищет хост в переменной $_SERVER['SERVER_NAME']
Я рассчитывал, что там всегда будет example.com а не www.example.com или аналогичное, однако у меня не так.
UPD2. С предыдущим решением тоже оказалось не все чисто

На некоторых сайтах начинает слетать mysql (mariadb) , перестает видеть socket скорее всего.
И а алиасами тоже все как-то мутно получается.
Короче

Я перепробовал уже все через апач,через nginx, через php.ini, через донастройку вирт. хостов.. Ничего не работает так, как хотелось бы.
Создавать для каждого сайта отдельного хост-юзера как-то не хочется.
Есть у кого идеи ?