Пытаюсь донести мысль, что неправильно создавать их в корне сайтов, так как это нарушает продуманную разработчиками структуру папок сайта. Они не должны быть доступны из интернета и лучше бы создавались только в профиле пользователей, например:
/home/USER/sites/SITE/.quarantine -> /home/USER/.quarantine
/home/USER/sites/SITE/.tmb -> /home/USER/.tmb
Спасибо за вашу работу.